Самый популярный вид развлечений на воде в Ираклионе — виндсерфинг, что связано с постоянными волнами на северном побережье Крита. Излюбленное место серферов — пляж Малия (примерно в 35 километрах от Ираклиона), там же расположен центр водных развлечений Dolphin Water Sports.
На пляже Амудара, рядом с отелем Dolphin Bay Hotel, находится школа виндсерфинга.
Галечный пляж Палекастро (12 километров от Ираклиона) идеально подходит для дайвинга — здесь глубокое и очень чистое море. Большой дайвинг-центр (European Diving Institute) находится в деревеньке Агия Пелагия.
Покататься на водных лыжах и взять уроки вейкбординга в Ираклионе можно на пляже Амудара (30–50 EUR за 3,5 километра). Там же можно арендовать каноэ или заняться снорклингом (10–15 EUR).
